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在杭州注册公司，可以通过以下网站进行申请。

1、浙江省企业登记全程电子化平台：这是杭州公司注册的主要在线申请平台，可以通过其官网进行工商注册申请。

2、杭州市市场监督管理局官网：在网站上可以找到关于企业注册的所有相关信息，包括需要准备的材料、注册步骤等。

也可以考虑使用第三方平台如支付宝或微信等，它们提供了企业注册的入口和一定的指导服务。

尽管在线申请使得注册公司更为便捷，但还是建议咨询专业的法律或财务顾问以确保满足所有法律要求和标准，准备好所有必要的文件和资料，并按照正确的步骤进行申请。